Die Burg dürfte im 13. Jahrhundert von den Salzburger Erzbischöfen erbaut worden sein. Sie diente zur Sicherung der Grenze zur Steiermark. Eine über 4 m hohe Mauer mit Wehrgängen sperrte das gesamte Tal über ca. 400 m Länge an der Klause ab und verband die Burg mit dem Klausentor.

Die Pfleger zu Klausegg entstammten zum Teil den bekanntesten Lungauer Adelsgeschlechtern, insbesondere waren Mooshaimer und Thannhauser als Pfleger zu Klausegg tätig. 1354 hatte etwa Wulfing der Mooshaimer dieses Amt inne. Im 17. Jahrhundert findet man wiederholt Bestrebungen, die Pflege zu Klausegg aufzulösen. 1642 befahl die Salzburger Hofkammer die Abtragung des Grenzturms. Noch 1680 wurde aber Martin Jocher mit der Burghut betraut.

Das Ende der Pflege ist mit Ende des 17. Jahrhunderts anzusetzen, das landesfürstliche Pflegeamt zu Klausegg wurde mit der Hauptpflege zu Moosham vereinigt. Mit Auflassung der Pflege waren die Burg und die gesamte Verteidigungsanlage dem Verfall preisgegeben. Teile der ehemaligen Grenzmauer wurden abgebrochen und die Steine für andere Gebäude verwendet. Der Verfall der Anlage schritt zügig voran. 1999 wurde die Ruine samt Grenzmauer restauriert. Die erhaltungswürdigen Mauerteile wurden versiegelt und mit einem Schutzdach versehen. Über Initiative der Volksschule Seetal wurde ein Sagenwanderweg angelegt, der vom Gasthaus zur Klause bis zur Ruine führt.

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