1125 wird erstmals ein "Wernhard de Stove" als Inhaber der Burg Stauf erwähnt, der sich ab 1146 mit seinem Sohn Heinrich de Julbach und ab 1161 Werhart von Schaunberg nannte. Er hatte die sicher schon länger bestehende Burg als Passauer Lehen.

In der Schaunberger Fehde 1380 wurde die Stauf ebenso wie die Schaunburg erfolglos belagert. Nach dem unglücklichen Ausgang der Fehde wurde sie dann 1386 von Herzog Albrecht besetzt. Die Lehenshoheit ging an den Landesfürsten. In der Folge wurde die Burg von Pflegern bewohnt. Mit dem Tode Wolfgangs II im Jahr 1559 starben die Schaunberger aus. Die Stauf fiel bei der Erbteilung an Wolfgang von Liechtenstein, den Gatten der Genoveva von Schaunberg.

1570 wurde die Burg durch einen Brand zum großen Teil zerstört und damit teilweise unbewohnbar. Sie wurde nicht mehr instand gesetzt und die Herrschaftsverwaltung in das neu errichtete Schloss nach Aschach verlegt. 1593 erwarb Helharg Jörger den Herrschaftsbesitz Stauf. Dieser leistete mit den evangelischen Ständen offenen Widerstand gegen Kaiser Ferdinand II, der die Jörgerschen Güter beschlagnahmte und sie 1622 an den Reichsfürsten Karl von Harrach übergab. Seit diesem Zeitpunkt ist die Burg im Besitz der Familie Harrach. Während sich Graf Alfred Harrach bereits vor dem Ersten Weltkrieg bemühte, durch Sanierung des Mauerwerkes den gänzlichen Verfall der Ruine aufzuhalten, hat sich nach 1945 der Eferdinger Heimatbund mit der Dreihannschen Forst- und Gutsverwaltung um die Erhaltung angenommen. 1989 entstand der Verein zur Rettung der Burgruine Stauf, der sich darum bemüht, den Verfall der Mauern aufzuhalten.

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