Die Schaunberger erbauten in den Jahren nach 1150 zuerst die Burg Stauf und dann die Schaunburg, nach der sie sich bald nannten. 1154 werden Wernhardus de Stoffe und sein Bruder Henricus von Schaunberg urkundlich genannt.

1380 wurde die Burg im Rahmen der Schaunburger Fehde vier Monate lang von Herzog Albrecht III persönlich belagert, konnte aber auch nach drei Jahren nicht eingenommen werden. Es kam schließlich zu einem Waffenstillstand, dem ein Schiedsspruch des Burggrafen von Nürnberg folgte. Die Schaunberger mussten nun auch ihren bisherigen Eigenbesitz von den Habsburgern als Lehen entgegen nehmen. 1388 führte Heinrich von Schaunberg eine neuerliche Fehde gegen den Landesherrn, musste jedoch 1390 endgültig Urfehde schwören.

Als Hauptwohnsitz wurde die doch etwas unbequeme Anlage zu Beginn des 16. Jahrhunderts endgültig aufgegeben. Der Verwaltungssitz war schon zuvor in das Schloss Eferding verlegt worden. Bis in das 18. Jahrhundert hausten jedoch noch Dienstleute und Angestellte, wie Jäger und Förster auf der Burg. Mit Graf Wolfgang II von Schaunberg starb die Familie 1559 aus. König Ferdinand I beanspruchte vorerst ihren Besitz als heimgefallenes Lehen. Nach langen Verhandlungen gelangte dieser jedoch 1572 zum größten Teil an die Kinder des Erasmus I von Starhemberg, der mit Anna, einer Schwester Wolfgangs verheiratet war. 1625 verlor der als militanter Protestant bekannt Erasmus II von Starhemberg seine Besitzungen, erhielt sie aber drei Jahre später wieder zurück. Er musste jedoch das Land verlassen und verkaufte 1630 seine Güter an Füll von Grünerzhofen. Nach dem Aussterben der Grünerzhofen konnten die Starhemberg 1660 ihre Herrschaften wieder zurückkaufen.

In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts setzte mangels Pflege ein rascher Verfall der Burgbauten ein, dem man erst in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts ernsthaft entgegen trat. Seit den 60er Jahren des 20. Jahrhunderts kam es immer wieder zu größeren Sanierungsmaßnahmen. Dennoch stürzte im Winter 2002/03 ein Teil der Ringmauer ein, wodurch auch einige Schlitzscharten vernichtet wurden. Die laufenden Sanierungsarbeiten werden seit 1957 vom Verein der "Freunde der Burg Schaunberg" durchgeführt. Die Burgruine gehört auch heute noch der Familie Starhemberg.

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