Einer Urkunde zufolge überließen die Brüder Adalprecht und Anigast vor 1030 dem Kloster St. Emeran in Regensburg einen "Gutshof zu Vvinzurilin". Vermutlich gelangt über die Lengenbacher ursprünglich Regensburger Besitz an die Schaunberger. Als deren Lehensmann erscheint 1363 Wulfing der Hager, der sich nach Weinzierl nennt. 1368 war die Herrschaft als Lehen der Wallseer bereits im Besitz der Ritterfamilie Prunner. 1534 ist Sebastian Rutzinger Eigentümer, vor 1558 erscheinen die Concin und vor 1586 Dr. Johann Linsmayer, unter dem die "Vesten Weinzierl" Erweiterungen erfährt.

Ab 1608 durfte er sich Freiherr zu Greiffenberg nennen. Außer Weinzierl gehörten ihm auch die Herrschaften Seisenegg, Freienstein, Karlsbach und Wasen. Er war es, der das heutige Schloss im Renaissancestil errichten ließ. Seine Nachfahren setzten die Bauarbeiten fort. Nach dem Tod von Johann Gottfried Freiherrn von Greiffenberg brachte dessen Tochter Maria Katharina Weinzierl als Heiratsgut in ihre Ehe mit Helmhard Payr ein. Neuerlich durch Heirat kamen 1681 die Grafen von Hofkirchen in seinen Besitz. Die nächsten Kurzzeit-Eigentümer waren Carl Ludwig Graf Rogendorf (um 1710) und Carl Ludwig Graf Souches. 1715 erwarb Johann Anton Praun zu Rottenhaus die Herrschaft, die 1738 an DDr. Johann Carl Weber Edler von Fürnberg verkauft wurde. Dieser war für die Barockisierung der Anlage verantwortlich, die in der Zeit um 1741 erfolgte.

1796 erwarb Kaiser Franz I die Herrschaft für den k. k. Familienfonds. Kaiser Franz Joseph I schenkte es 1883 der Gemeinde Wien zur Errichtung eines Heimes für verlassene Kinder. 1890 richtete ein Brand in dem Gebäude große Schäden an. Es wurde wiederhergestellt und auch nach dem Ende der Monarchie weiterhin als Erziehungsanstalt verwendet. 1934 wurde das Francisco-Josephinum, eine von Kaiser Franz Joseph bereits 1869 gegründete höhere landwirtschaftliche Schule, von Mödling nach Weinzierl verlegt. Nachdem 1944/45 das Krankenhaus Baden ein Lazarett im Schloss geführt hatte, wurde in der Nachkriegszeit der Schulbetrieb wieder aufgenommen. Mit zunehmender Schüleranzahl wurden zusätzliche Bauten auf dem Schlossgelände notwendig. Heute ist Schloss Weinzierl Eigentum der Republik Österreich, es beherbergt die Höhere Landwirtschaftliche Bundeslehranstalt Francisco-Josephinum.

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