Das Kloster wurde um 1153 durch Graf Ulrich II von Pernegg als Chorfrauenstift gegründet und mit Nonnen aus den zu Seelau gehörigen Stift Launiowitz besiedelt. Nach Plünderungen und dem Tod der letzten Chorfrau im Jahr 1585 wurde das Kloster von den Geraser Chorherren übernommen. Infolge der Josephinischen Kirchenreformen wurde das Kloster vollständig aufgehoben und die Ausstattung versteigert. 1854 übertrug dann Kaiser Franz Joseph das Eigentum an der Pernegger Liegenschaft wieder an das Chorherrenstift Geras. 1940 wurde Geras und Pernegg beschlagnahmt, Geras dient als Unterkunft für Umsiedler und Pernegg als Reichsarbeitsdienstlager.

Von 1951 bis 1992 befand sich im Klostergebäude das von der Pfarre geführte und bis über die Grenzen bekannte "Jugendhaus Pernegg" 1992 bis 1997 erfolgte die Sanierung der gesamten Klosteranlage, wobei das "Haus Rosalia" und das "Haus Augustinus" harmonisch in die alte Anlage eingefügt wurden. In der komplett restaurierten Stiftskirche "Zum heiligen Andreas" werden wegen ihrer exzellenten Akustik neben den Gottesdiensten auch regelmäßig Konzerte gegeben. Der Klosterkomplex ist von Umfassungsmauern aus dem 15., 16. und 17.Jahrhundert umgeben. Diese Mauern sind teilweise durch Rundtürme mit Zinnenbekrönung verstärkt.

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