Die Burg dürfte bereits in der zweiten Hälfte des 11. Jahrhunderts von den Grafen von Pernegg errichtet worden sein. Diese stammten vermutlich von einer weiblichen Nebenlinie der Babenberger ab. Sie wird 1112 erstmals urkundlich erwähnt. Als erster bekannter Burgherr scheint ein "Oudalricus de Pernece" 1120 auf. Ulrich II von Pernegg stiftete um 1153 das in unmittelbarer Nähe liegende Kloster.

1188 wurden die Pernegger Stiftungen an den Bischof von Passau übergeben. Der letzte Pernegger wird als "Narr und Tor" bezeichnet. Mit ihm erlosch 1230 das Geschlecht. Danach zog Herzog Leopold VI die Herrschaft ein. 1238 fiel Pernegg an König Przemysl Ottokar, wurde aber nach dessen Tod wieder landesfürstlich. Im Laufe des 14. Jahrhunderts verlor der Wehrbau seine militärische Bedeutung.

1314 war die Burg noch bewohnt. Vor 1432 ließ der Geraser Abt die bereits ruinöse Burg zum Schutz des Klosters vor den Hussiten noch einmal befestigen, doch wurde sie 1448 abgerissen, damit sie marodierenden Söldnerbanden nicht als Stützpunkt dienen konnte. Das noch brauchbare Material wurde zum Ausbau des Klosters verwendet. 1505 wird Pernegg bereits als öde bezeichnet. Die Kapelle blieb aber erhalten und wurde 1902 im Rahmen ihrer Sanierung zur Lourdeskapelle umgestaltet.

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