Die 1042 erstmals urkundlich als "Nivvenbvrch" genannte Stadt befindet sich auf dem Gelände eines römischen Kastells, dessen Befestigungen teilweise als Fundament für die mittelalterliche Burg verwendet wurden. Wahrscheinlich wird das Areal ab 1108 neu besiedelt, als der Babenberger Leopold III (1095 - 1136) das Stadtgebiet erbt und seine neue Hauptresidenz der Mark Österreich gründet.

Nach dem Tod Leopold III verliert Klosterneuburg seine Bedeutung als Residenz. Unter Leopold VI (1198 - 1230) erlebte die Stadt jedoch einen neuen Aufschwung. Nach Koch wird nun auch die regelmäßige Stadtanlage mit den Stadtmauern errichtet. Bereits vor Leopolds Tod wird Klosterneuburg wieder als landesfürstliche Residenz aufgegeben.

Um 1282 wird die Stadt unter dem Habsburger Herzog Albrecht I stark befestigt und durch die neue Albrechtsburg verstärkt. Die alte Burg verliert somit ihre Funktion, sie wird allmählich in den Stiftskomplex integriert und überbaut. 1799 wird auch die spätromanische Burgkapelle abgetragen.

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