Der Bau der Albrechtsburg wurde wahrscheinlich schon unter König Ottokar II von Böhmen begonnen, der die Stadtbefestigung der Oberen Stadt Klosterneuburgs systematisch ausbaute. Um das Jahr 1282 lies der Habsburger Herzog Albrecht I die Stadtbefestigung stark ausbauen und durch die Fertigstellung der Albrechtsburg verstärkten. Erstmals schriftlich scheint die Burg durch die Weihe der Burgkapelle 1288 auf. Die alte Burg verlor somit ihre Funktion und wurde allmählich in den Stiftskomplex integriert und überbaut. Albrecht nutzte die neue Burg offenbar intensiv und verlieh Klosterneuburg bei der Trennung von Korneuburg im Jahre 1298 ein eigenes, neues Stadtrecht.

Die Burg war Sitz der landesfürstlichen Verwaltung. Kurz darauf erlischt das Interesse an der Burg, sie wurde bereits ab dem 14. Jahrhundert oftmals verpfändet. König Ferdinand I schenkte die bereits stark verfallene Burg 1538 den Bürgern der Stadt, die sie zum Zeughaus und Getreidespeicher umbauten. 1683 kam es zu weiteren schweren Beschädigungen der Burg. 1817 wurden die noch bestehenden Bauten großteils abgerissen. Die Zeiten überlebt hat nur noch der "Gades" - oder "Schießstattturm", der westlichste Teil der Bastion. Von der Burg ist heute nur mehr die ebenerdige Front der Stadtbefestigung erhalten.

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