Die früheste Nennung des Ortes stammt aus der Mitte des 12. Jahrhunderts. Um 1140 stand hier bereits eine Kirche und der Ort wurde damals "St. Margarethen" genannt. Sie ist der hl. Margareta geweiht, gehört zum Dekanat Klosterneuburg der Erzdiözese Wien und wird vom Stift Klosterneuburg betreut. Die Pfarre besteht vermutlich seit 1381, doch sind darüber keine Angaben vorhanden. Ursprünglich war sie Filialkirche von Petronell und wurde um 1544 eine selbständige Pfarre. Etwa in dieser Zeit ging auch das Patronat über die Höfleiner Kirche von den Äbten von Göttweig auf die Herrschaft Petronell über. Bis 1968 blieb Höflein eine Patronatspfarre der Grafen von Abensperg und Traun, der früheren Inhaber der Herrschaft.

Die romanische Saalkirche wurde im 12. Jahrhundert in erhöhter Lage über dem Ort als Wehrkirche errichtet. Sie ist nordseitig mit einer Bruchstein-Wehrmauer umgeben. 1248 wurde das Gut und die Pfarre an das Stift Klosterneuburg verkauft und 1399 dem Stift einverleibt. 1682 wurde der Sakralbau barockisiert und in Richtung Osten auf das Doppelte ihres ursprünglichen Ausmaßes erweitert. Der gotische Wehrturm mit seinem achteckigen Aufsatz und Pyramidenhelm wurde 1945 durch Beschuss zerstört und nach alten Plänen in den Jahren 1947/48 von der Gemeinde wieder aufgebaut.

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