Als die Babenberger 1209 den Berg Hohenstauf ihrer Stiftung Lilienfeld übereigneten, ließen die Burg auf dem dortigen Gipfel schleifen. Die Brüder Luitold und Conrad von Hohenstaufen nannten sich nun nach ihrer neuen Burg auf dem Altenburgkogel. Der Name Altenburg dürfte jedoch auf eine ältere Befestigung zurückgehen. Die Altenburger waren mit diesem Besitzwechsel nicht einverstanden und mussten 1209, 1230 und noch 1258 vom Landesfürsten entschädigt werden. Die Altenburger die durch Heirat (1261) an die Burg Wildegg gekommen waren und diese auch als ihren Wohnsitz nutzten, nannten sich nun Altenburg-Wildegg. Sie starben im Jahr 1447 aus.

Die Altenburg wurde bereits 1299 als Ruine bezeichnet und war schon gegen Ende des 14. Jahrhunderts in fremden Händen. 1386 verkaufte Hans der Alachter den Meierhof unter der Altenburg an Ulrich von Pergau. 1388 nannte sich Jans der Payr "von Altenburg". Ab diesen Zeitpunkt gibt es keine Aufzeichnungen mehr über die Burg. Sie war wohl schon vor 1400 vom Kloster Lilienfeld erworben und von den Mönchen dem weiteren Verfall überlassen worden. Der Burgstall war von 1860 bis 1901 im Eigentum der Familie Enk, kam danach an die Familie Schweizer und vor 1930 an die Familie Singer. Diese verkaufte 1930 an die Kinderfreunde.

Nach der Rückstellung des konfiszierten Besitzes kam der Burgstall 1947 an die Landesgruppe Niederösterreich der SPÖ Freie Schule Kinderfreunde.

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