Das Gebiet um Nauders gehörte zumindest seit dem 10. Jahrhundert zur Grafschaft Vinschgau. 1150 wird ein "Cunrat de Nudris" erstmals genannt. Er war ein Ministeriale des Bischofs von Chur. Die Burg Naudersberg wird aber erst 1325 urkundlich erwähnt. Ihre Erbauung dürfte zu Beginn des 14. Jahrhunderts unter Herzog Meinhard II erfolgt sein.

1363 gelang es Graf Ulrich d. J. von Matsch das Gericht Nauders von Margarethe Maultasch kurz vor ihrem Tod als Lehen zu erhalten, musste jedoch bald darauf verzichten und sich mit Nauders als Pfandbesitz begnügen. 1429 wurde die Pfandschaft wieder aufgelöst. 1499 überfielen die in Tirol eingedrungenen Engadiner auch Naudersberg und setzten es in Brand.

Die Burg wurde rasch wieder in einen verteidigungsbereiten Zustand versetzt. 1518 wurde Niklas von Trauttmansdorff mit der Pflegschaft betraut. Auf ihn folgte 1523 sein Bruder Herrand. Eine Visitation durch Jörg Kölderer ergab 1524 einen schlechten Bauzustand der Burg. Die Bedrohung durch die Engadiner erforderte bis 1542 laufende Ausbauten der Verteidigungseinrichtungen. 1535 wurde die Gerichtsherrschaft Nauders an den Ritter Jakob Khuen von Belasy verpfändet. Er nahm auch im Inneren umfangreiche Bauarbeiten vor. 1622 konnte ein Überfall der Engadiner auf die Burg erfolgreich abgewehrt werden. Nach dem Franzoseneinfall von 1799 musste die Burg restauriert werden. Als Tirol zwischen 1806 und 1809 zu Bayern gehörte, wurde das Gericht vorübergehend nach Fürstenberg bei Burgeis verlegt.

1919 fiel der Großteil des Gerichtsbezirkes an Italien. Der Rest wurde dem Gericht Landeck zugeschlagen. Naudersberg wurde aber noch weiter als Amtsgebäude bzw. Gendarmeriekaserne verwendet. 1978 trat die Republik Österreich die bereits stark vernachlässigte Burg dem Land Tirol ab. Damals war sie noch als Jugendferienheim in Verwendung. 1980 erwarb die Hoteliersfamilie Köllemann aus Nauders die Anlage und ließ sie anschließend umfassend restaurieren.

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