Die heutige Anlage dürfte zu Beginn des 13. Jahrhunderts von den Herren von Bernegg erbaut worden sein. Es bestand bereits einen Vorgängerbau, der vermutlich im Auftrag des Bistums Regensburg im 11. oder 12. Jahrhundert entstand. 1225 wird ein "Hegeno de Berneggo" in einer Urkunde erwähnt, womit auch das Bestehen eines Herrensitzes dokumentiert ist.

Die Herren von Bernegg waren zuerst Dienstmannen der Grafen von Ulten und dann unter Herzog Meinhard II landesfürstliche Ministeriale. Gegen 1396 starben die Bernegger im Mannesstamm aus. Margareta von Bernegg heiratete zuerst Viktor von Firmian und nach seinem Tod 1411 Sigmund von Annenberg. Seit 1415 befand sich die Burg in seinem Besitz.

Im Aufstand gegen Herzog Friedrich IV, an dem sich auch Hans von Annenberg beteiligte, wurde Berneck schwer beschädigt und vom Herzog konfisziert. Dieser gab es aber bald wieder als landesfürstliches Lehen an die Familie zurück. Die Annenberger verkauften die Burg 1435 an den Schweizer Adeligen Hans Wilhelm von Mülinen. Er ließ die Burg wieder aufbauen und erweitern. 1457 erwarb Hans Kripp aus Hall die Feste. Sein Sohn veräußerte sie an Hilprant Rasp zu Laufenbach. Dessen Tochter heiratete Albrecht Rindsmaul, der Berneck 1488 dem Gewerken Christian Tänzl verkaufte. Kaiser Maximilian I erkannte die strategische Bedeutung der Burg und tauschte sie gegen das Schloss Tratzberg ein. Rueland von Dieperskircher wurde 1517 mit der Burghut von Berneck betraut. 1530 trennten sich die Habsburger wieder von der Burg und verkauften sie an Johann Zott. Dieser ließ vor allem die Innenräume den Erfordernissen der Zeit anpassen. Es gelang ihm auch das bisherige Mannlehen in ein Kunkellehen umzuwandeln, so dass auch seine Töchter erbberechtigt waren.

1667 befand sich Berneck im Besitz der Familie Fieger von Hirschberg, die 1699 durch Franz Christoph Freiherr von Rassler abgelöst wurde. Johann Andre von Pach zu Hansenheim kaufte 1728 Berneck, das er restaurieren ließ. Eine neuerliche Instandsetzung erfolgte 1819. Berneck ging 1876 in das Eigentum der Familie Pach über. Ab 1870 begann jedoch der Verfall, da die Pachs nur mehr wenig Interesse an Berneck zeigte. Dieser konnte auch durch die folgenden Besitzer, Gottfried Knabl und Anton Kathrein, denen die Burg seit 1932 gehörte, nicht aufgehalten werden. Der New Yorker Börsenmakler Rolf Roland kaufte die Burg 1961 Max Kathrein ab. Eine geplante Generalrestaurierung unterblieb jedoch.

Vor dem endgültigen Verfall gerettet wurde die bereits zur Ruine gewordene Anlage erst 1976, als sie Ekkehard Hörmann und seine Gattin Dr. Magdalena Hörmann-Weingartner, kauften. Bis 1983 wurden sämtliche Bauten saniert und wieder bewohnbar gemacht. 1987 konnte auch die Burgkapelle mit Hilfe der Münchner Messerschmitt-Stiftung renoviert werden.

Weitere Informationen: Burgen Austria / Burgenseite Südtirols