Die Gründung des Stiftes erfolget im Jahr 1163 durch Markgraf Otakar III von Traungau. Den Ausgangspunkt der Stiftssiedlung bildet das kleine, bereits 1149 von Bischof Roman von Gurk dem heiligen Apostel Thomas geweihte Kirchlein.

Nach der Zerstörung des Stifts im Jahr 1237 erfolgte der schnelle Wiederaufbau. König Rudolf I von Habsburg stellte 1277 dem Stift einen Schutzbrief aus. Ein erneuter Brand beschädigte die Klostergebäude im Jahr 1384. Kaiser Friedrich III verlieh 1453 dem Stift sein heutiges Wappen und erteilte die Erlaubnis, eine Rüstkammer einzurichten. Wegen der anhaltenden Türkengefahr veranlasste Propst Leonhard von Horn den Umbau des Stifts zu einer Klosterburg mit Wassergraben, Wehrmauer und Zugbrücke.

Durch Kaiser Maximilian I wurde dem Stift das Landgericht verliehen. Nach dem Tod Propst Geyers im Jahr 1542 drohte das Stift während der Reformation zu erlöschen. Die Existenzkrise wurde erst 1544 mit der Ernennung eines neuen Propstes beendet. Bis ins Jahr 1635 wurden umfangreiche Neubauten errichtet. Von 1660 bis 1662 erfolgte der Neubau der Stiftskirche, die alte Prälatur wurde im Zuge des Neubaus des West- und Nordtraktes 1727 abgerissen. Die Festungsmauern wurden 1844 abgetragen und der Wassergraben teilweise zugeschüttet, das Stift verlor dadurch seinen Burg-Charakter.

Das Stift wurde nach der Beschlagnahmung im zweiten Weltkrieg (1940) in „Burg Vorau“ umbenannt. Die Chorherren mussten das Stift verlassen, welches nunmehr unter NS-Herrschaft verwaltet wurde. Das Stift wurde erstmals seit seiner Gründung aufgehoben. Sowjetische Tiefflieger bombardierten 1945 Vorau wobei Teile des Stiftes abbrannten. Im selben Jahr kehrten die Chorherren in das zerstörte Stift zurück und begannen mit dem Wiederaufbau, der erst Ende der sechziger Jahre abgeschlossen war. Von 1981 bis 1987 wurden alle Stiftsgebäude saniert, von 1995 bis 1997 erfolgte ein Erweiterungsbau für das Verwaltungsgebäude.

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