Die Grafen von Plainburg waren eines der angesehensten Adelsgeschlechter Bayerns. Sie waren ursprünglich Ministeriale des deutschen Kaisers. In einer Preßburger Urkunde wird 1108 erstmals ein "Werigand comes de Playern" als Zeuge genannt. Er dürfte der Erbauer der Feste und Stammvater der Familie gewesen sein.

Als 1260 Otto und Konrad von Plain ohne Nachkommen in der Schlacht von Staatz gegen die Ungarn fielen, erlosch die Familie und Erzbischof Philipp der Erwählte zog die Grafschaften Plain ein. Der angeheiratete Graf Albert II von Görz versuchte zwar die Stammburg seiner Gattin wieder zurückzubekommen, musste aber 1292 darauf verzichten. Die Salzburger Erzbischöfe setzten Burggrafen zu ihrer Verwaltung ein. 1598 wurde Christoph Geizkofler mit der Burg belehnt.

Da diese ihre bisherige Funktion als Gerichtssitz verloren hatte, wurde ihre Instandhaltung vernachlässigt. Nachdem Fürsterzbischof Paris von Lodron 1620 in erster Linie die Wehreinrichtungen verbessert hatte, ließ Fürsterzbischof Max Gandolf von Kuenburg 1674 die Hauptburg wieder bewohnbar machen. 1758 überlegte man die Schleifung der Anlage, doch kam man aus militärischen Überlegungen wieder davon ab. 1796 verließ der letzte Bewohner die Burg, die nun endgültig dem Verfall überlassen wurde. Nach der Säkularisierung wurde das Burgareal verkauft.

Zur Zeit als Salzburg zu Bayern gehörte, war die Plainburg Staatsbesitz. Kronprinz Ludwig erhielt sie 1813 von seinem Vater geschenkt. 1868 erbte der bayerische Prinzregent Luitpold den Besitz, verkaufte ihn aber schon zwei Jahre später an Friedrich Freiherrn von Löwenstern. 1872 wurden Karl und Henriette Klusemann Eigentümer der Plainburg. 1896 kam sie gemeinsam mit Glanegg an den Freiherrn Fritz von Mayr-Melnhof. Heute ist sie in bäuerlichem Besitz. Zwischen 1968 und 1970 sowie 1982 und 1983 fanden umfangreiche Sanierungsarbeiten statt.

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