Die mittelalterlichen Befestigungen am Schlossberg dürften bereits in der Zeit um 1100 angelegt worden sein. Erstmals scheint 1189 in der Chronik von Nonnberg ein "Marchvart von Mathse als Castellanus de Mathse" auf. In der um 1356 verfassten Mattseer Chronik wird jedoch angegeben, dass die Edlen Heinrich und Hadmar von Schleedorf um 1200 die Burg erbaut hätten. Ausgrabungen lassen den Schluss zu, dass die Befestigungen am Schlossberg in der Zeit um 1100 angelegt worden sind.

Die Burg ist jedenfalls eine Gründung der Passauer Bischöfe, denen Mattsee bereits 907 von den bayrischen Herzogen geschenkt worden war. Nach dem Rücktritt Bischof Gebhart von Passau beauftragte 1232 Papst Gregor IX, den Erzbischof von Salzburg mit der Bewachung der Burg.

Im Zuge der Auseinandersetzungen zwischen den Bayernherzögen und dem Bistum Passau überfiel der bayerische Vogt des benachbarten Stiftes Mattsee die Burg und eroberte sie. Bischof Wernhard von Passau ließ 1285 den Reckturm am Gipfel des Hügels errichten. Im Zuge des Thronstreits zwischen Ludwig IV und den Habsburgern wurde 1325 zum Schutz vor Angriffen von Salzburger Truppen ein Wassergraben angelegt. Die nunmehrige Wasserburg war leichter zu verteidigen. 1357 verpfändete Bischof Gottfried von Passau dem Erzbischof Ortolf von Salzburg die Feste Mattsee. In den folgenden Jahren kam es immer wieder zu kurzfristigen Verpfändungen. 1390 verkaufte Bischof Georg von Passau Mattsee an den Erzbischof Pilgrim von Salzburg. Es wurde nun meist von Pflegern verwaltet. Zwischen 1552 und 1558 ließ der Pfleger Joachim Raumensatl im Auftrag der Salzburger Erzbischöfe ein neues Schloss errichten. 1566 brannte die alte Burg teilweise ab. 1577 war auch das Schloss bereits baufällig.

1598 ließ es Erzbischof Wolf Dietrich zwar wieder herrichten, doch bereits 1614 wird das Schloss wieder als weitgehend unbewohnt und baufällig bezeichnet. In der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurden immer wieder Reparaturen durchgeführt, doch beschränkten sich diese nur auf das Schloss, während die alte Burg mit dem Reckturm dem Verfall überlassen blieb. Unter der bayerischen Regierung wurde das Gebäude an Privatpersonen verkauft. 1837 waren die Wehrmauern noch intakt und das Areal konnte nur durch das Schlosstor betreten werden. Georg Hechenberger, der Schloss Mattsee 1842 erworben hatte, ließ aber den gesamten nördlichen Teil abreißen. 1858 kaufte Josef Sigl die noch vorhandenen Baulichkeiten. Er ließ den schadhaften zweiten Stock des Südtraktes abtragen und den ersten Stock für Mietparteien adaptieren. Nach weiteren privaten Besitzern kaufte 1949 die Gemeinde Mattsee das Schloss und richtete darin das Heimatmuseum ein. Das Gebäude wurde zwischen 1996 und 2003 restauriert und dient seither als lokales Kulturzentrum.

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