Die seit ca. 1180 vorkommenden Herren von Goldegg waren eines der großen Ministerialen Geschlechter Salzburgs. Sie waren vermutlich Nachkommen der im 12. Jahrhundert mehrfach genannten Herren von Pongau. Ihre ursprüngliche Burg befand sich im nahen Altenhof, etwa 1 km westlich des heutigen Schlosses.

Nach der Schlacht von Mühldorf 1322, in der die Bayern siegten, ließ der Erzbischof sämtliche Burgen der Goldegger schleifen. Im nächsten Jahr gab er aber Wulfing die Erlaubnis, ein neues Schloss zu bauen. Im Jahr 1400 starb Haug von Goldegg als letzter seiner Familie. Seine Tochter Dorothea erbte das Schloss Goldegg. Ihr Sohn Wolfgang von Freundsberg war 1438 ihr Alleinerbe. Er starb 1449 ohne Nachkommen.

Dies veranlasste den Erzbischof von Salzburg, Goldegg durch Truppen des Friedrich Truchsess von Emmerberg zu besetzen. Die Tiroler Erben des Wolfgang von Freundsberg konnten sich nicht durchsetzen und traten ihre Ansprüche an die Brüder Gradner ab. Diese wurden 1450 vom Erzbischof mit den Besitzungen der Goldegger belehnt. Als die Gradner 1455 in Ungnade fielen, nutzte Ulrich von Freundsberg die Gunst der Stunde und eroberte Goldegg zurück. Es half ihm aber nicht viel. Nach einer militärischen Demonstration der Stärke übernahm das Salzburger Erzbistum Goldegg endgültig. 1481 verkaufte Erzbischof Bernhard von Rohr, die Burg seinem Pfleger Wilhelm Graf. Da sich der Erzbischof das Wiederkaufrecht einräumen lassen hatte, nahm er sie zwei Jahre später wieder zurück. Danach dürften umfangreiche Umbauarbeiten vorgenommen worden sein.

Christoph Graf von Schernberg hatte sich im Bauernkrieg von 1526 ausgezeichnet und erhielt als Dank dafür Goldegg, das er umgehend zu seiner heutigen Form umbaute. Auf Grund seiner hohen Schulden musste Christoph d. J. Graf von Schernberg das Lehen verkaufen. Erzbischof Wolf Dietrich von Raitenau zog die Herrschaft 1612 ein und setzte als Pfleger Dietrich Freiherrn von Kuen-Belasy auf Lebenszeit ein. Nach der Säkularisation Salzburgs diente das Schloss ab 1821 als k. k. Rentamtsgebäude und Gerichtshaus. 1838 fanden neuerlich größere Umbauten statt, die mit der Errichtung einer neuen Pflegerwohnung im Zusammenhang standen. 1854 war der Bau nicht mehr bewohnt und bereits in einem ruinösen Zustand. 1859 kaufte Graf Max O’Donell das Schloss und gab ihm durch eine gründliche Restaurierung endgültig sein heutiges Aussehen. Es wurde jedoch weiterhin nicht bewohnt und bereits 1874 an Hubert Graf von Galen verkauft.

Nach 1938 wurde das Gebäude als Ferienlager für Mädchen benützt. 1959 verkaufte Margarete Gräfin von Galen den Bau an die Erzdiözese Salzburg, die hier bereits ab 1949 ein Jugendheim und Exerzitienhaus eingerichtet hatte. Seit 1973 ist das Schloss im Besitz der Gemeinde Goldegg. Nach einer grundlegenden Sanierung wurde es mittlerweile zu einem bedeutenden Kultur- und Bildungszentrum des Pongaus. Seit damals ist das Schloss wieder öffentlich zugänglich.

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