Es kann durchaus sein, dass am heutigen Schlossberg bereits im 10. Jahrhundert ein hölzerner Wehrbau bestand. Wahrscheinlich verdankt das Schloss den Salzburger Erzbischöfen sein Entstehen, die hier gegen die Übergriffe Berchtesgadens einen befestigten Sitz schafften. Um 1350 übersiedelte der Richter zu Alm nach Glanegg und wurde danach als Burggraf von Glanegg bezeichnet.

Glanegg wurde Sitz des Pfleggerichts. Unter Erzbischof Leonhard von Keutschach (1495 – 1519) wurde die bereits vom Verfall bedrohte Anlage wieder instand gesetzt. Er gab dem Schloss den Charakter einer Turmburg. Seit 1609 wohnte der Pfleger in der Stadt, was dazu führte, dass das Schloss 1612 bereits unbewohnbar war. Unter Erzbischof Markus Sittikus von Hohenems erfolgte dann eine Restaurierung.

Von 1763 bis 1787 pachtete der Domdechant und Bischof von Chiemsee Ferdinand Christoph von Zeil das Schloss. Nach der Säkularisation erwarb 1804 Kurfürst Ferdinand von Bayern das Schloss. Die bayerische Regierung verkaufte es 1812 an Dr. Franz de Paula Storch der die Herrschaft bis 1838 besaß. Seine Witwe verkaufte sie 1849 an Alois Graf Arco-Steppberg, dieser drei Jahre später an Alois Perwein. Nach einem mehrfachen Besitzerwechsel kam Glanegg 1872 an die Familie Klusemann. 1896 ging das Schloss an den Freiherrn Franz von Mayr-Melnhof, dessen Familie es noch heute besitzt und bewohnt. In den Jahren 1920 bis 1923 wurde das zu diesem Zeitpunkt unbewohnte Schloss ebenso wie der Meierhof durch Zu- und Erweiterungsbauten vergrößert.

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