Unter den Ministerialen der Salzburger Bischöfe scheint 1233 auch ein "Ulricus de Vischarn" auf. Es wird vermutet, dass die Burg einst den Goldeggern gehörte, die sie um 1200 erbauten. Wie sie an das Bistum Chiemsee gelangte, ist unbekannt. Jedenfalls stellte Bischof Heinrich bereits 1273 hier Urkunden aus.

Fischhorn blieb bis zur Säkularisierung von 1803 bei den Chiemseer Bischöfen, die es von Pflegern verwalten ließen. Im Bauernkrieg von 1526 wurde Fischhorn von den Aufständischen geplündert und zerstört. Der Wiederaufbau erfolgte vorerst nur sehr zögernd, so dass das Gebäude 1602 bereits wieder baufällig war. 1674 wurde Fischhorn zur Hofmark erklärt, wobei dem Pfleger die niedere Gerichtsbarkeit zugesprochen wurde.

1675 ließ Fürstbischof Johann Franz Graf Preysing die Burg zum Schloss umbauen und neu ausstatten. Von 1811 bis 1816 war Fischhorn Sitz des königlich bayrischen Rentamtes und dann bis 1846 Sitz des k. k. Oberforstamtes. Danach stand das Gebäude wieder leer und mangelnde Pflege führte neuerlich zu Verfallserscheinungen. Im Zuge einer Versteigerung erwarb 1859 Anton Embacher von Taxenbach das Schloss. Drei Jahre später erwarb Sophie Fürstin Löwenstein gemeinsam mit ihrem Bruder Fürst Johann II von Liechtenstein den bereits stark ramponierten Bau. Sie ließ ihn anschließend im neugotischen Stil erneuern.

1920 vernichtete ein Großbrand das Dacht sowie den Ostteil des Schlosses. Der Bremer Großkaufmann Heinrich Gildemeister, der zwei Jahre zuvor die Anlage erworben hatte, ließ die Dachstühle anschließend in vereinfachter Form wieder aufbauen. Von 1944 bis 1945 befand sich ein Außenlager des KZ Dachau im Schloss. Seit dem Ende des nationalsozialistischen Regimes befindet sich Fischhorn wieder im Besitz der Familie Gildemeister. Von 1960 bis zur Jahrtausendwende stand das Schloss leer. Nach 2000 begannen umfassende Bau- und Sanierungsmaßnahmen, die es wieder bewohnbar machten. Seit 2007 stellen die Eigentümer gelegentlich Teile des Schlosses für Veranstaltungen zur Verfügung.

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