Gundaker IV von Steyr, ein Ministeriale des Königs Przemysl Ottokar, erbaute um 1240 die erste steinerne Burg, nach der er sich später auch nannte. Sie wird in einem Passauer Urbar aus dem 13. Jahrhundert mit "Storchenberch" bezeichnet und war ein bischöfliches Lehen. 1322 wurde die Burg durch Grams von Uttendorf, einem Feldhauptmann Ludwigs, erobert. Zehn Jahre später wurde sie von den Bayern an Herzog Albrecht II und Otto von Österreich abgetreten. Die Starhemberger saßen aber bis 1379 weiterhin auf ihrem Stammschloss, da sie ihre Ansprüche auf das Passauer Lehen nicht aufgegeben hatten. Die Burg wurde danach meist von Pflegern verwaltet oder als Pfand vergeben. So wurde 1414 Reinprecht von Wallsee Pfandherr.

Auch die Starhemberger hatten die Herrschaft in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts wieder inne. Sie wurden aber bald von den Anhanger abgelöst, auf die die Jörger folgten. Sowohl 1461 als auch 1491 wurde die Burg neuerlich an die Starhemberger verpfändet. 1498 verkaufte König Maximilian I die Herrschaft an Christoph Jörger. Dieser ließ das immer noch burgähnliche Schloss umbauen und wohnlicher gestalten. Als einer der Führer des protestantischen Adelsaufstandes von 1620 wurde der hier geborene Helmhard Freiherr von Jörger geächtet. Seine Besitzungen wurden konfisziert. Kaiser Ferdinand II verpfändete Starhemberg zuerst an die Stadt Wels und verkaufte es dann 1627 an das Bistum Passau. Die Bischöfe setzten Pfleger zur Verwaltung ein.

Als es 1803 zur Säkularisation Passaus kam, fiel Starhemberg wieder an den österreichischen Staat und wurde durch die Hofkammer verwaltet. 1809 diente es als französisches Militärlazarett. 1836 privatisierte der österreichische Staat die Herrschaft. Neue Eigentümer wurden Michael Fink aus Braunau und Franz Seyrl aus Ried. Letzterer war ab 1847 Alleineigentümer. Von 1915 bis 1916 benutzte die österreichische Armee das Schloss als Militärspital. Hugo Seyrl verkaufte den Besitz 1916 an Hans Hatschek, der zwischen 1923 und 1925 große Umbauten und Restaurierungen vornahm. Dabei wurde das Aussehen der Anlage wesentlich verändert.

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