Während des 3. Kreuzzuges gründete Bischof Otto II von Bamberg 1190 beim Hof am Fuß des Pyhrn ein Hospital, das er einer Laienbruderschaft übergab. Durch große adelige Schenkungen aus dem 13. Jahrhundert umfasste die Grundherrschaft bald große Teile des Beckens von Windischgarsten und Stoder.

Das Hospital wurde 1418 in ein Kollegialstift mit einem Dechanten an der Spitze umgewandelt und erlebte im ausgehenden Mittelalter eine große kulturelle Blüte. Der "Dom am Pyhrn" erlangte großen Reichtum. Das Stiftsgebäude brannte 1502 ab. Nach dem Wiederaufbau unter Förderung von Kaiser Maximilian I wurde die Chorherrengemeinschaft aufgegeben und das Stift dadurch baulich erweitert. Das Kollegialstift wurde durch Papst Paul V im Jahr 1605 zu einer Propstei erhoben.

In der Folge nahmen die Kanonikate zu und in der barockzeitlichen Erweiterung seit der Zeit um 1650 entstanden großzügige Stiftsanlagen in einer viereckigen Form. 1807 wurde das Stift Pyhrn aufgelöst und der Besitz den nach der Aufhebung des Klosters St. Blasien im Schwarzwald bereits im Jahr 1806 hierher umgezogenen Benediktinern unter Berthold Rottler übertragen. Die St. Blasier siedelten aber schon 1809 in das Stift St. Paul im Lavanttal über. Die Grundherrschaft Spital ging daraufhin im Religionsfondsgut auf. Die Stiftskirche wurde Pfarrkirche. Im Stiftsgebäude amtierte ein Pfleggericht.

1841 beschädigte ein Brand die Stiftsgebäude. Als in franzisko-josefinischer Zeit die K.u.k. Forstverwaltung (die späteren Bundesforste) im Stiftsgebäude ausgebaut wurde, mutierte Spital bald zum Treffpunkt beamteten Adels. Von 1964 bis 1967 erfolgte eine Außenrestaurierung des Stifts. Von 1989 bis 1997 war der Forstbetrieb Spital/Pyhrn im Stift ansässig. Seit 2007 befindet sich das ehemalige Stift in Besitz der Gemeinde Spital am Pyhrn. In den Gebäuden befindet sich das JUFA Hotel Pyhrn-Priel.

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