Bernau scheint erstmals in einer Urkunde aus dem Jahr 1189 auf. Bei seinem Wohnsitz dürfte es sich vermutlich um einen Wehrturm gehandelt haben. Die Pernauer standen im Dienste des Stiftes Lambach. Um 1406 verkaufte Joachim Pernauer den bereits zur Wasserburg gewordenen Turm an Wolfgang Anhanger.

Auf ihn folgten als Erben seine Neffen Wolfgang und Hans Jörger. Danach kam es zu Besitzstreitigkeiten, die Mathias Oberhaimer für sich entscheiden konnte. Die Oberhaimer nahmen größere Umbauten vor. Othmar Oberhaimer betätigte sich als Raubritter, was 1521 zu seiner Gefangennahme, Verurteilung und Enthauptung führte. Danach ging die Burg an die Familie Jagenreuther über. 1609 vernichtete ein Brand den Großteil der Anlage. Sie wurde aber wieder neu aufgebaut.

Siegmund Jagenreuther verkaufte die Herrschaft 1619 an Siegmund Spindler. Jakob Spindler wollte das Schloss 1725 dem Stift Lambach verkaufen, doch verboten ihm dies die oberösterreichischen Landstände. Als Leopold von Eiselsberg Bernau 1730 erwarb, ließ er es großzügig barockisieren. 1766 übernahm Karl Warmund von Gabelkoven den Besitz. Mit Graf Alois stellte 1793 wieder ein Mitglied der Familie Spindler den Schlossherrn, der aber bereits fünf Jahre später neuerlich wechselte. Auch Carl von Annacker behielt das Schloss nicht lange. Er verkaufte es 1810 an Wolfgang Tiefenthaler. 1907 wurde das Landgut von Julius und Bertha Theuer erworben, deren Erben es 1926 an den Industriellen Hans Hatschek verkauften. Seit 1979 gehört Bernau der Familie Handlbauer, die das Gebäude restaurieren ließ. Das Schloss dient heute in erster Linie als Kulturzentrum.

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