Der Ort Zeißing scheint 1285 erstmals urkundlich auf. 1376 wird ein Chunrad der Puschinger zu "Zayssingen" als Besitzer des Hofes erwähnt. Er zählte zu den Dienstleuten der Starhemberger, denen die Gegend damals gehörte.

Nebst einigen anderen Gütern verkaufte Rüdiger von Starhemberg 1380 auch die Burg Zeißing an Heidenreich von Maissau. Die Puschinger blieben aber weiterhin Lehensnehmer. Hans Puschinger war der letzte Burgherr dieser Familie. Sein Schwiegersohn Mathes Schirmer wollte sich 1466 vom bayerischen Herzog Albrecht mit Zeißing belehnen lassen. 1489 gehörte das "slos Czaissing" bereits Leopold Purckstaller. Nachdem Leonhard Kirchberger 1452 die Herrschaft Zeißing übernommen hatte, kaufte 1548 Hans Georg I von Kuefstein beide Herrschaften.

Hans Georg III Freiherr von Kuefstein ließ zu Beginn des 17. Jahrhunderts die alte Burg abbrechen und an ihrer Stelle ein frühbarockes Wasserschloss errichten. Sein Sohn, Hans Ludwig Freiherr von Kuefstein, vollendete den Bau. Nach seinem Tod übernahm die Familie Geyer von Osterburg die Herrschaft. Danach wechselten die Eigentümer recht häufig. Beim Wiederaufbau nach einem Brand von 1858 wurde das Schloss um ein Geschoß gekürzt. Mit dem Bauschutt wurde der Wassergraben aufgefüllt. Im 19. Jahrhundert gehörte Zeißing dem Wirtschaftsfonds des Wiener Bürgerspitals. 1926 kaufte Franz Schaumüller das Gut. Seit 1969 wird es von der Familie Kernstock als landwirtschaftlicher Betrieb geführt. Es werden auch Gästezimmer vermietet. Das eigentliche Schloss wirkt durch seine Geschoßreduzierung wie ein größerer Bauernhof, während die gegenüberliegende Ruinenwand schlossartigen Charakter zeigt, obwohl sie einst zu einem Nebengebäude gehörte.

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