An der Stelle des heutigen Schlosses stand im Hochmittelalter eine Wasserburg, die gemeinsam mit anderen Wehrbauten die Ostgrenze des Reiches zu sichern hatte. Um 1137 gehörte Wolfsthal den Hochfreien von Asparn/Zaya als freies Eigen. Ob es nach deren Aussterben um 1226 an die Babenberger kam ist fraglich, denn auch später wird Wolfsthal immer als freies Eigen bezeichnet. 1455 scheint die Familie Rohr als Inhaber der Herrschaft auf. Ab 1460 besaßen die Herren von Zelking die Burg als freies Eigen. Das Landgericht und die unweit gelegene Pottenburg gehörten ihnen als landesfürstliches Lehen. 1544 verkauften die Erben Wilhelms von Zelking alles Georg Walterskirchner.

Der Vischer-Stich von 1672 zeigt noch ein wehrhaftes Wasserschloss. Seine Gräben wurden 1790 zugeschüttet und das Gebäude barock verändert. Damals dürften auch die Wehrmauern niedergerissen worden sein. Sein heutiges Aussehen erhielt das Schloss aber erst zwischen 1874 und 1880. Schloss Walterskirchen, wie es nach seiner langjährigen Eigentümerfamilie auch genannt wird, wurde in den letzten Tagen des Zweiten Weltkrieges schwer verwüstet. In den letzten Jahren wurden Sanierungsmaßnahmen durchgeführt. Schloss und Gut befinden sich derzeit im Eigentum der Familie Konradsheim.

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