Die Burg wurde im 12. Jahrhundert von den Grafen von Peilstein erbaut. Um 1160 scheint ein "Wicpot de Waidhouen" als Burggraf auf. Gegen Ende des 12. Jahrhunderts meldeten die Bischöfe von Freising Ansprüche auf Waidhofen an. Sie konnten diese aber erst nach dem Aussterben der Peilsteiner 1218 durchsetzen.

Zwischen 1258 und 1279 ließ Bischof Konrad II die Stadtbefestigung, in der die Burg eine wichtige Rolle spielte, erneuern. 1316 wird in Waidhofen erstmals ein "castrum" erwähnt. Als die Burg Konradsheim, die dem Bistum als Verwaltungssitz diente, 1360 von Herzog Rudolf IV erobert und niedergebrannt wurde, übersiedelten die bischöflichen Pfleger, aber auch das Landgericht, in die Stadtburg. 1407 ließ sie Bischof Berthold von Wehingen deutlich ausbauen.

Die Herrschaft wurde immer von Pflegern verwaltet und nie verpfändet oder verliehen. Im 15. Jahrhundert hatten die Eytzinger die Pflegschaft inne. 1515 richtete ein Brand schwere Schäden an, ebenso 1571. Bis zu seiner Säkularisierung im Jahr 1803 blieb das Bistum Freising im Besitz der Burg. Das Gebäude wurde danach nicht mehr gepflegt und kaum noch genutzt. Der staatliche Cameralfonds übernahm die Verwaltung. 1822 war die Burg bereits so ruinös, dass die Kanzlei in ein Stadthaus übersiedeln musste. 1840 wurden die ärgsten Schäden behoben. 1848 schüttete man den ehemaligen Stadtgraben zwischen Pfarrkirche und Burg zu. Schließlich wurde die Herrschaft an private Interessenten verkauft. 1875 kaufte Albert Freiherr von Rothschild den Besitz. Er ließ das Schloss in den Jahren 1885 bis 1888 im Sinne des Historismus erneuern. Dabei kam es zu einem weitreichenden Verlust der mittelalterlichen Bausubstanz.

1938 wurde die Familie Rothschild enteignet. 1949 verzichtete Freiherr Louis von Rothschild auf das zurückerstattete Schloss und übertrug es der Republik Österreich. Diese richtete noch im selben Jahr eine Bundesforstschule darin ein. 2002 erwarb die Stadt Waidhofen das Schloss. Nach einer gründlichen Renovierung wurde 2007 ein Teil der Landesausstellung "Feuer und Erde" im Schloss einquartiert. Danach wurde hier das Stadtmuseum sowie das Standesamt untergebracht. Im Kanzleibau, dem "Stöckl", befindet sich ein Schlossrestaurant. Das Schloss wird auch als Veranstaltungszentrum genutzt.

Weitere Informationen: Burgen Austria