Seebenstein soll bereits 1092 durch Eckbert von Formbach-Neuburg erbaut worden sein. 1096 befand sich die Burg im Besitz der mit den Formbachern verwandten Markgräfin Ita, der Gemahlin des Babenbergers Leopold II.

Herzog Heinrich der Stolze von Bayern befahl angeblich 1131 die Zerstörung der Burg aber bereits 1159 wurden die Wildensteiner, Ministeriale der Babenberger, mit der Herrschaft belehnt. Mit Chadelhoh de sewenstaine wird die Burg 1170 erstmals urkundlich erwähnt. 1308 gehörte Seebenstein dem österreichischen Herzog Friedrich dem Schönen. Neun Jahre später gelangte es an die steirische Linie der Liechtensteiner. Ulrich von Stubenberg, ein Abkömmling dieser Familie, verpfändete 1367 seinen Burganteil an die Herren von Königsberg.

1379 übernahm Herzog Leopold III von seinem Bruder Albrecht III die Herrschaft und verkaufte sie an Hans Auer von Herrenkirchen. 1403 erwarb Niklas Seebeck, ein Verwandter der Auer, Seebenstein. Von 1432 bis 1658 besaßen die Königsberger neuerlich die Feste. Sie waren Ministeriale der Salzburger und Gurker Bischöfe. Nachdem Wolf Matthäus 1653 als letzter Königsberger verstorben war, verkaufte seine Schwägerin die verschuldete Herrschaft sukzessive an Carl Pergen. Johann Ferdinand Graf Pergen erbaute 1733 im Ort ein neues Schloss, wohin er seinen Wohnsitz verlegte. Die alte Burg blieb dem Verfall überlassen. 1788 pachtete Anton David Steiger die bereits ruinöse und leerstehende Anlage. Er ließ die verwahrlosten Räume des neueren Wohntraktes restaurieren.

Im Jahr 1824 verkaufte Johann Karl von Pergen die Herrschaft an den Fürsten Johann I von und zu Liechtenstein. Da ihm das Aussehen von Seebenstein nicht alt genug erschien, ließ er einzelne Bauteile abtragen um die Ruine noch "ruinöser" erscheinen zu lassen. 1942 erwarb Lilly Nehammer-Prinz die Burgruine und das Wohnschloss. Sie ließ zuerst die bewohnbaren Teile restaurieren und brachte darin ihre Sammlung mittelalterlicher Kunst unter. Derzeit gehört die Burg ihrer Großnichte Christine Vopara.

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