Der Ort Seebarn wird 1140 erstmals genannt. Die Schenken von Seebarn gelten als Erbauer des einstigen Wehrbaues. Sie sind seit 1339 hier urkundlich nachweisbar und hielten die Burg vermutlich als Lehen der Wallseer. Mit Hans dem Schenken starb die Familie zwischen 1455 und 1457 aus.

Seebarn gelangte um 1488 an seinen Vetter Hans Zeller. 1540 scheint der Ritter Pankraz Raiger als Eigentümer auf. Um 1590 gehörte der bereits zum Ansitz umgebaute Wehrbau der Familie Straub zu Thürnthal. Sie befand sich bereits zwei Jahre später im Besitz der Freiherren von Auersperg. 1664 gelangte Seebarn, das damals Oberseebarn genannt wurde, an die Grafen von Verdenberg, denen schon seit 1628 das Dorf Unterseebarn gehörte.

Die mit ihnen verwandten Grafen Enckevoirt stellten ab 1688 die Schlossherren. Sie vereinigten Seebarn mit ihrer benachbarten Herrschaft Grafenegg. Neuerlich als Erbe kamen beide Güter an die Fürsten Metternich-Sandor. 1945 wurden die Schlossgebäude durch Kriegseinwirkungen schwer beschädigt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurden die ärgsten Schäden beseitigt. Der kaum gepflegte Bau wurde vorwiegend landwirtschaftlich genutzt. Vor einigen Jahren erwarb ihn Frau Dkfm. Melitta Kabele. Das Gebäude wurde 2005 restauriert und wird seither bewohnt.

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