1170 wird die Siedlung als Suelinpach erstmals erwähnt. Erste bekannte Burgherren sind 1243 Engelschalcus und Chunradus de Swelpach. 1266 wird ein Haedwinus de Swelnpach genannt. Er und seine Nachfolger waren Lehensträger der Herzöge von Bayern, denen um die Mitte des 13. Jahrhunderts das Gebiet vom Kloster Niederaltaich verliehen wurde.

1300 verkaufte Poppo von Grünberg die Herrschaft an Ulrich d. Ä. von Kapellen. Später verpfändeten die Bayernherzöge ihren Schwallenbacher Lehensbesitz dem Seyfried Ritzendorfer. Seine Gattin Anna hatte ihm 1420 das Afterlehen in die Ehe mitgebracht. Nach seinem Tod werden Jörg Scheck von Aggstein und die Brüder Hans und Michael Schratt als bayerische Lehensträger genannt.

1463 brannten die Truppen Georg von Podiebrads den Ort und die Burg nieder. Beide wurden aber bald wieder aufgebaut. 1504 gelang es den Habsburgern das bisher exterritoriale Gebiet ihrem Hoheitsbereich einzuverleiben. Schwallenbach wurde den Kirchbergern verkauft. 1590 ging es in das Eigentum der Familie Kuefstein über. Sein heutiges Aussehen erhielt die mittelalterliche Burg zu Beginn des 17. Jahrhunderts, als sie durch Anna von Polheim in eine wohnlichere Anlage umgebaut wurde. 1871 kam die Herrschaft an den Wiener Bürgerspitalfonds. Spätere private Besitzer führten hier bis 1960 das Gasthaus "Das Glöckerl von Schwallenbach". Seit damals dient das Gebäude nur mehr als Wohnsitz und gehört dem Wiener Kunsthändler Reinhold Hofstätter.

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