Im 12. Jahrhundert entstand zur Sicherung des Flussüberganges, an der zur östlichen Landesgrenze führenden Heerstraße, eine kleine Burg. Mit Walther von Swabdorf wird um 1182 erstmals auf einen Herrensitz hingewiesen. Schwadorf war landesfürstlich, doch gelangte es bereits 1194 im Tauschweg an den Bischof Wolfger von Passau. 1215 wurde der damaligen Hofmark von Kaiser Friedrich II die Blutgerichtsbarkeit verliehen. Eberhard von Schwadorf zählte 1220 zu den Ministerialen des Herzogs Heinrich d. Ä. von Mödling. Im 14. Jahrhundert wurde die Burg mehrfach verpfändet, so 1381 an Albrecht von Puchheim. Noch 1383 wird Schwadorf als freies Eigen der Passauer Bischöfe bezeichnet.

Doch zog es der Landesfürst zwei Jahre später wieder ein. 1398 war es wieder im Besitz des Bistums, das es den Herzogen Wilhelm und Ernst als Leibgedinge überließ. Im späten 15. Jahrhundert war die Herrschaft an König Matthias Corvinus verpfändet, was zur Folge hatte, dass die Burg 1490 von König Maximilian I kassiert wurde. 1494 wurde sie aber wieder dem Bistum Passau übergeben. Mit einigen Unterbrechungen blieb sie nun bis 1806 bei den Passauer Bischöfen. Das heutige Renaissanceschloss wurde um 1600 errichtet. Als das Bistum auf seinen österreichischen Besitz verzichten musste, wurde Schwadorf vom Staat übernommen und 1826 an Private verkauft.

Zu diesen zählten die Ritter Fellner von Feldegg (1823) sowie Theodor Ritter Riedl von Riedenau (1879). Dr. Arnold Segal kaufte 1926 den Gutsbetrieb. Ein Jahr später richtete ein schweres Erdbeben bedeutende Schäden an. Nachdem Segal 1938 enteignet und das Schloss der Deutschen Ansiedlergesellschaft übergeben wurde, erhielt er seinen Besitz nach 1945 wieder zurück. Zuletzt gehörten Schloss und Gut der Familie Auer-Welsbach. Das Gebäude, das seit vielen Jahrzehnten nicht mehr restauriert wurde, war bis vor wenigen Jahren unbewohnt und dem Verfall überlassen. Die Rettung kam durch einen neuen Eigentümer, der das Wohngebäude mittlerweile weitgehend restauriert hat.

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