Erster bekannter Besitzer ist Graf Sighard von Schala, der 1104 in Regensburg ermordet wurde. Sein gleichnamiger Sohn gilt als Bauherr der ersten größeren Burg an dieser Stelle.

Kurz nach 1190 starben die Grafen von Schala aus. Ihre Burg kam über die verwandten Grafen von Peilstein, die 1218 ausstarben und die Grafen von Plain, die bis 1260 lebten, an den Landesfürsten, der die Schallaburg als Lehen weitergab. 1242 saß hier Otto von Ottenstein, 1286 Otto von Zelking. Die Herren von Zelking fassten die einzelnen freistehenden Gebäude der bisherigen Burg zu einem unregelmäßigen Gebäudekomplex zusammen. Im Erbweg kam die Herrschaft 1450 an die Losensteiner. Sie hatten die Schallaburg bereits im Eigenbesitz inne.

Hans Wilhelm ließ die mittelalterliche Burg in ein großzügiges Renaissanceschloss verwandeln. Als er 1601 starb ging das Erbe an seinen Neffen Georg Christoph, der die Schallaburg wegen hoher Schulden an seinem Schwiegervater, Georg von Stubenberg, übergeben musste. Hans Wilhelm von Stubenberg musste 1660 aus religiösen Gründen die Herrschaft an die Familie der Kletzl von Altenach verkaufen. Diese veräußerten sie ein Jahrhundert später an Bartholomäus Freiherr von Tinti. Seine Nachkommen besaßen die Schallaburg bis 1940.

Der 1940 erfolgte Verkauf an Josef von Nagel-Doornick erwies sich für die Schallaburg als keine glückliche Entscheidung, da diese nach Kriegsende von der russischen Besatzungsmacht zum deutschen Eigentum erklärt und requiriert wurde. In der Zeit bis zur Rückgabe 1955 wurde das Schloss schwer verwüstet. Wegen der ungeklärten Eigentumsverhältnisse wurde die Anlage bis 1965 weiterhin nicht gepflegt. 1967 erwarb das Land Niederösterreich die vor dem Verfall stehenden Gebäude. In den folgenden Jahrzehnten wurde die Schallaburg grundlegend saniert und revitalisiert.

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