Kaiser Heinrich II schenkte 1021 dem bayrischen Kloster Weihenstephan einen Teil der Donauinsel "Sahsonaganc". Schon neun Jahre später gelangte dieses Gebiet an das Bistum Freising. Um 1120 wird Adalbert von Sachsengang als erster Vertreter, des nach der Burg benannten Geschlechts, urkundlich erwähnt. Seine Söhne Gerolt und Hartnit verweigerten 1164 dem Bischof von Freising ihre Lehenspflicht. Sachsengang wurde landesfürstlich, Gerolt und Hartnit Ministerialen der Babenberger. Zwischen 1412 und 1432 starben die Herren von Sachsengang aus. Um 1400 gehörte die Burg Rudolf von Lassberg.

Im 15. Jahrhundert verlor Sachsengang durch die Errichtung einer Donaubrücke bei Wien und die Veränderungen der Donau sowie ihrer Arme seine strategische Bedeutung. Als Lassberg starb, kaufte König Ferdinand Sachsengang zurück und machte es zu seinem Jagdschloss. 1529 überließ er es aber Niklas Graf Salm. Um 1550 wird berichtet, dass die Gebäude bereits in einem schlechten Zustand waren. Erst die beiden Obristen Hanns Berchtold und Johann Provia begannen 1574 mit der Wiederherstellung der verfallenden Bauten. 1581 richtete ein schweres Erdbeben und 1582 ein Brand schwere Schäden an. Ständige Streitigkeiten zwischen den beiden Besitzern verhinderten eine ordnungsgemäße Pflege der Burg.

Zwar konnte Maximilian Berchtold diese schließlich ganz in seinen Besitz bringen, doch gelang es ihm nicht, Sachsengang als erbliches Lehen zu erhalten. Als Kaiser Ferdinand III 1655 Sachsengang zum Verkauf ausschreiben ließ, war es bereits wieder in einem sehr schlechten Zustand. Neuer Burgherr wurde Johann Konrad von Richthausen. Er beschäftigte sich in Sachsengang vorwiegend mit alchemistischen Experimenten. Bereits 1659 überließ er die Burg dem aus Südtirol stammenden Dr. Jakob von Thavonat, der die Burg schlossartig ausbauen ließ. Seine Nachkommen bewohnen und bewirtschaften das Schloss noch heute.

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