Kurz nach 1100 erhielt ein Zweig der Hochfreien von Lengenbach von den Regensburger Bischöfen die Herrschaft Purgstall übertragen. Die Burg dürfte noch von Vögten des Bistums erbaut worden sein. Bereits 1121 nannten sich die Brüder Hartwig, Heidenreich und Otto nach ihr.

1212 wird Siegfried Eisenbeutel als Zeuge einer in der Burg ausgestellten Urkunde genannt. Er war ein Ministeriale der Grafen von Peilstein. Im späten 13. Jahrhundert wurde der Besitz geteilt. Bis 1375 scheinen die Familien Eisenbeutel und Häusler als Inhaber auf. Heinrich von Wallsee erwarb 1375 und 1387 beide Teile. Die Wallseer waren vermutlich die Bauherren der Schlosskapelle. Reinprecht III von Wallsee hinterließ 1483 eine Tochter, die einen Grafen Schaunberg heiratete.

1492 verkaufte Siegmund Graf von Schaunburg für sein Mündel Georg die Herrschaft an Volkhard von Auersperg. Zwischen 1568 und 1785 war die Herrschaft geteilt. Die rekatholisierte Linie wohnte im Altschloss, während die protestantisch gebliebenen Auersperg das Neuschloss bevorzugten. Im 16. Jahrhundert wurde die Burg in die heutige Schlossanlage umgebaut. 1683 konnten die Auersperg Purgstall erfolgreich gegen die Türken verteidigen. Die 1843 teilweise in die Erlaufschlucht abgerutschten Bauten der Ostseite wurden bald erneuert und mit Pfeilern bzw. Futtermauern abgestützt. 1859 heiratete Auguste Sophia Fürstin Auersperg Hermann Graf Schaffgotsch, wodurch die Herrschaft an dessen Familie gelangte. Einer Marmortafel zufolge, ließ Eugenie Gräfin Schaffgotsch im Jahr 1900 den Anbau an der Westfront errichten. Auf die Schaffgotsch folgte 1934 die Familie Florian, die auch heute noch Eigentümer von Schloss und Gut Purgstall ist.

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