Die mittelalterliche Burg wurde vermutlich im 12. Jahrhundert, zur Zeit der ersten urkundlichen Erwähnung des Ortes Matzen (1194), erbaut. Die Herren von Matzen dürften im 14. Jahrhundert ausgestorben sein. Die Burg wurde landesfürstlich.

1432 belehnte Herzog Albrecht V die Brüder von Aichenstauden mit der vom Vater geerbten Herrschaft. Auf sie folgten die Hauser von Karlstein. 1551 verkaufte Ritter Leopold Hauser das bereits freieigene Matzen an Wilhelm Freiherrn von Herberstein. Die Familie Herberstein besaß Matzen bis 1629 und nahm in dieser Zeit größere Neubauten vor, wodurch sich die gotische Burg in ein wohnliches Renaissanceschloss verwandelte. Dann kaufte Hans Christoph Freiherr von Fünfkirchen den Besitz.

Maria Theresia von Fünfkirchen brachte 1706 Matzen in ihre Ehe mit Franz Ferdinand Graf Kinsky ein. Sein heutiges Aussehen erhielt das Schloss 1827 durch Christian Josef Graf Kinsky. 1907 verließ die Familie Kinsky das Schloss und vermietete es an Strakosch aus Hohenau. Der letzte Besitzer aus dem Haus Kinsky war Graf Paul. Er verkaufte Matzen 1931 an die Familie Löw. Am Ende des Zweiten Weltkrieges wurde das Schloss geplündert und verfiel. Die russische Besatzungsmacht zog erst 1955 ab. Erst als 1963 Ing. Alfons Belak Matzen kaufte und mit der Renovierung begann, kamen wieder bessere Zeiten. Einige Jahre hindurch war in dem Gebäude eine Außenstelle des Museums für Völkerkunde und eine Gastwirtschaft untergebracht. Heute dient der Bau dem derzeitigen Besitzer ausschließlich zu Wohnzwecken.

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