1268 gründete der Böhmenkönig Ottokar II Przemysl an der Mündung des Weidenbaches in die March die Stadt als Bollwerk an der Grenze gegen Ungarn. An der gefährdetsten Stelle wurde die landesfürstliche Stadtburg errichtet. Die erste erhaltene Urkunde, in der sie erwähnt wird, stammt aus dem Jahr 1346. Burg und Stadt wurden 1426 von den Hussiten erobert. Unter ihren rasch wechselnden Besitzern sind die zwei Namen Salm und Pálffy zu erwähnen. Niklas Graf Salm hielt die Herrschaft als Pfandbesitz seit 1502. Die Stadt Marchegg wurde von den vordringenden Türken niedergebrannt, doch konnten sie die Burg nicht einnehmen. Sie wurde aber schwer beschädigt. Es dauerte bis 1568 um die Burg wieder bewohnbar machen.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts verwüsteten ungarische Rebellen neuerlich den Besitz. 1621 übergab Kaiser Ferdinand II die Herrschaft Graf Paul Pálffy von Erdödy, pfandweise. Zwei Jahre später befand sie sich bereits in seinem Eigenbesitz. Er ließ bis 1628 die alte Burg Marchegg mit Ausnahme eines Turms abtragen und unter Verwendung einiger alter Mauern ein neues viereckiges Wasserschloss errichten. Um 1715 beauftragte Palatin Nikolaus V Graf Pálffy den Wiener Baumeister Christian Alexander Oedtl mit der Barockisierung der Anlage. Das Schloss verlor dadurch sein wehrhaftes Aussehen. Es diente der Familie Pálffy in den nächsten zwei Jahrhunderten vorwiegend als Jagdschloss und Sommersitz.

Als nach dem Ersten Weltkrieg Pressburg und das Familienzentrum Malatzka an die Tschechoslowakei fielen, verlegte Nikolaus Fürst Pálffy seinen Herrschaftssitz nach Marchegg. 1945 entstanden durch Artillerietreffer und Plünderungen so große Schäden am Schloss, dass dessen Abbruch bereits genehmigt worden war. Mit dem Tod von Fürst Ladislaus Pálffy starb 1947 die Marchegger-Linie der Familie aus. Die Verhandlungen um das Schicksal des Gebäudes zogen sich bis 1957 und endeten damit, dass die Stadtgemeinde Marchegg das Schloss mit Landeshilfe erwarb. Schloss Marchegg wurde teilweise Renoviert und wird derzeit von der Stadtgemeinde für gelegentliche Ausstellungen und sonstige Veranstaltungen genutzt.

Weitere Informationen: Burgen Austria