Die ehemalige Burg wurde erstmals 1270 mit Ritter Wolfker von Judenau urkundlich erwähnt. Die Ritter Grabner nannten sich ab 1342 Grabner von Judenau. In der Folge wurde die Herrschaft mehrfach weiter vererbt. 1529 zerstörten türkische Streifscharen die alte Wasserburg, doch ließ sie der neue Besitzer, Helmhard Jörger, 1589 als wohnlicheres Schloß neu errichten. 1590 fiel der Bau einem schweren Erdbeben zum Opfer. Nach der Behebung der Schäden verkaufte Georg Wilhelm Jörger Judenau an Georg Andrä von Hofkirchen. 1619 wurden seine Besitzungen wegen seiner führenden Teilnahme an einem Adelsaufstand eingezogen.

Judenau kam als Pfand an die Khuen von Neulengbach. 1623 kaufte Freiherr Karl von Herberstein vom Staat die Herrschaft. Wegen Steuerschulden wurde die Herrschaft neuerlich eingezogen und kurzfristig mehrfach verpfändet. Ab 1631 waren die Grafen Verdenberg Schlossherren in Judenau. Sie ließen die heutigen Anlage zwischen 1665 und 1675 erbauen. 1683 wurde das Gebäude im Zuge der Zweiten Türkenbelagerung Wiens verwüstet. 1689 erwarb Johann Heinrich Graf von Dünnewald das Schloss. 1701 kaufte Fürst Johann Andre von Liechtenstein die Herrschaft. 1857 verkauften die Liechtensteiner das Schloß an den Niederösterreichischen Waisenfonds.

Die Schulschwestern richteten in ihm eine Volksschule ein. 1938 wurden die Schwestern vertrieben, das Schloß wurde 1942 ein deutsches und 1945 ein russisches Kriegslazarett. Danach diente das bereits arg vernachlässigte Gebäude als Haushaltungsschule, Flüchtlingsheim und Schule. Das Schloss beherbergt seit 1961 die Organisation "Rettet das Kind" mit einem Schüler- und Lehrlingsinternat. Es wurde zwischen 1982 und 1997 umfassend vom Land Niederösterreich restauriert.

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