Der Zeitpunkt der Erbauung der Burg liegt ebenso im Dunkeln wie der Großteil ihrer Geschichte. Sie war die längste Zeit ein landesfürstliches Lehen, wobei dessen Inhaber wohl keine sehr bedeutenden Adeligen waren. Immerhin wird 1136 im Stiftungsbrief des Klosters Heiligenkreuz ein "Anshalmus de Sparwarspach" als Zeuge genannt. Gleichzeitig wird auch eine "Adelhaidis de Sparewarspach" erwähnt. 1160 scheint ein "Prunrich de Sparwerspach" auf. Mathilde von Schnepfenstein hatte um 1311 die benachbarte gleichnamige Burg verlassen und war in die etwas größere Burg Sparbach gezogen. 1402 gehörte die Burg Heinrich dem Starken von Sparbach.

Herzog Albrecht V erteilte 1429 Johann Jöchlinger die Erlaubnis, auf dem Burgstall von Sparbach-Schnepfenstein eine neue Burg zu errichten. Sie war aber nicht die heutige Ruine, sondern wurde am Platz des Schlosses Neu-Sparbach errichtet. Graf Ulrich von Cilli kaufte in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts die Herrschaft. (Alt)-Sparbach wurde spätestens nach der Errichtung der neuen Burg verlassen und vermutlich 1529 durch die Türken endgültig zerstört. Im 16. Jahrhundert gehörte es Familien Thonradl und Jörger. Wegen seiner Beteiligung am Adelsaufstand wurde der gesamter Besitz von Hans von Jörger. Sparbach wurde 1627 an Jakob Khießl Graf zu Gottschee verkauft. Damals wurde erstmals der Name Johannstein verwendet.

Im 17. und 18. Jahrhundert wechselten die Besitzer recht häufig. Zu ihnen zählte auch das Stift Heiligenkreuz, das von 1652 bis 1735 die Herrschaft besaß. Seit 1809 gehört die Ruine mit dem gesamten Tierpark der Familie Liechtenstein. In den Jahren 1995 bis 2000 erfolgte eine grundlegende Sicherung und Restaurierung des noch vorhandenen Mauerwerks.

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