Auf dem Hügel des Kirchenberges von Höflein befand sich einst ein Kastell. Die heutige Friedhofsmauer, in der man römisches Steinmaterial findet, folgt dem Verlauf der das Kastell umgebenden Römermauer. Hier wurde später die Wehrkirche St. Ulrich errichtet.

Die Pfarre besteht vermutlich seit 1381, doch sind darüber keine Angaben vorhanden. Ursprünglich war sie Filialkirche von Petronell und wurde um 1544 eine selbständige Pfarre. Etwa in dieser Zeit ging auch das Patronat über die Höfleiner Kirche von den Äbten von Göttweig auf die Herrschaft Petronell über. Bis 1968 blieb Höflein eine Patronatspfarre der Grafen von Abensperg und Traun, der früheren Inhaber der Herrschaft.

Kirche wie Friedhofsmauer bestehen aus vielen römischen Materialien. Aufzeichnungen über den Bau der Kirche gibt es keine, im romanischen Mauerwerk des Presbyteriums sind aber noch die Anfänge des Kirchenbaues erkennbar. Der gotische Wehrturm mit seinem achteckigen Aufsatz und Pyramidenhelm wurde 1945 durch Beschuss zerstört und nach alten Plänen in den Jahren 1947/48 von der Gemeinde wieder aufgebaut. Gleichzeitig wurden auch vier Glocken angeschafft. Die Maßwerkfenster sind frühgotischen Ursprungs.

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