Ekbert Graf von Formbach-Neuburg stiftete hier 1094 ein Kloster, das zum Benediktinerkloster Formbach am Inn gehörte und von den dortigen Mönchen besiedelt wurde. Aus dieser vermutlich bis 1109 errichteten Klosterzelle entstand im Laufe des 12. Jahrhunderts die Propstei Gloggnitz.

Die Propstei blieb zwar immer eine Expositur des bayerischen Mutterklosters, erlangte aber schon im 14. Jahrhundert weitgehende Selbstständigkeit. Die heutigen Bauten stammen zum Großteil aus dem 16. Jahrhundert, als Gloggnitz zu einer Klosterburg ausgebaut wurde. Probst Franz Langpartner ließ zwischen 1730 und 1741 das Kloster barockisieren. Als 1803 das Stift Formbach aufgelöst wurde, kam es auch zur Aufhebung der Propstei Gloggnitz.

Sie wurde 1825 als eigene Grundherrschaft verkauft. Erster privater Eigentümer war Josef Ritter von Weyna. Danach wechselten die privaten Besitzer recht häufig. Die Klosteranlage wurde verweltlicht und zu einem "Schloss". Seit 1928 ist das Schloss im Besitz der Stadt Gloggnitz. In den Jahren 1976 bis 1992 kam es zur Renovierung der bereits etwas ramponierten Anlage. 1992 fand die niederösterreichische Landesausstellung „Die Eroberung der Landschaft“ im Schloss statt. Heute enthält die Anlage neben der Kirche auch das Standesamt sowie ein Restaurant und ein Museum. Das Schloss wird auch als „Heiratsschloss“ vermarktet.

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