Die Burg wurde wahrscheinlich in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts erbaut. In einer um 1182 datierten Urkunde Reinperts von Hohenstein, worin er die Schenkung von zwei Höfen "zu Ekkehardestein" an das Stift Göttweig bestätigt, wird der Name der Burg erstmals genannt. Obwohl nicht ausdrücklich von der Burg berichtet wird, kann ihr Bestand zu jener Zeit angenommen werden.

Konrad Eisenbeutel verkaufte 1314 den "Burgstall" Eckhardstein. Um 1380 gehört Eckhardstein als landesfürstliches Lehen zur Herrschaft Oberranna. Die Burg dürfte nach der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts aufgeben worden sein.

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