Die einst recht stattliche Burg dürfte in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts errichtet worden sein. Sie gehörte damals dem Erzbistum Salzburg. Die Bischöfe belehnten den steirischen Landmarschall Hartnit von Orth mit Waxenegg. Dieser setzte Burggrafen ein, die sich nach der Feste nannten. 1219 scheint Perchtold von Waxenegg als solcher auf.

Hartnit von Orth dürfte sich bei der Verteilung des Erbes der Murecker übergangen gefühlt haben, worauf er bald danach einen Kampf gegen den Salzburger Erzbischof, seinen Lehensherrn begann. Dieser entzog ihm hierauf das Lehen über Waxenegg und übergab es Herzog Friedrich II dem Streitbaren, der es als Afterlehen dem Bischof von Seckau zukommen ließ.

Nach dem Tod König Ottokars II zog der Salzburger Erzbischof beide Lehen ein und übergab Waxenegg Herzog Albrecht I von Habsburg. Allerdings erlaubte er 1277 dem Seckauer Bischof knapp unter der Feste eine neue Burg zu erbauen. 1286 begann ein Streit um Waxenegg zwischen Albrecht und dem Salzburger Erzbischof, der dazu führte, dass die Burg 1289 vom Herzog eingenommen und teilweise zerstört wurde. Im nächsten Jahr befand sie sich aber wieder im Besitz des Erzbischofs Konrad IV, der umgehend mit dem Wiederaufbau begann. Herzog Albrecht konnte Waxenegg 1291 neuerlich einnehmen und nun endgültig behalten. Albrecht verpfändete die Burg 1299 an Ulrich von Walsee.

Während der Walseer-Fehde nahm Hans von Stubenberg im Auftrag von Herzog Ernst dem Eisernen 1412 die Burg ein. 1418 erhielt Reinprecht von Walsee Waxenegg als Pfandbesitz zurück. Nach Abzahlung der Schuld übernahm 1450 König Friedrich III die Burg. Waxenegg diente in der Folge immer wieder als Pfandobjekt, so wurde es umgehend an Christof Mörsperger verpfändet. Danach folgten die Grafen Christof von St. Georgen und Pösing (1504), Graf Jörg von Rottal (1514) der seine Ansprüche 1524 an Siegmund von Dietrichstein ab. 1556 erwarb Georg Kleindienst, der Vormund des minderjährigen Adam von Dietrichstein war, die Herrschaft als freies Eigen. Er begann die alte Burg wohnlich auszubauen. Sein Sohn Siegmund setzte ab 1571 die Arbeiten fort. Die untere Burg Neu-Waxenegg wurde nun dem Verfall überlassen.

1663 verkaufte Hans Christof Kleindienst Waxenegg an Georg Hans von Webersberg. Als 1723 die Verwaltung in das Freihaus in Anger verlegt wurde, wurde auch die obere Burg kaum mehr bewohnt. 1761 wurde Waxenegg öffentlich versteigert. Es gelangte an Johann Franz Graf Khevenhüller-Metsch, der in seinem Schloss Thannhausen wohnte und die Dächer der Burg Waxenegg abtragen ließ, was ihr Schicksal besiegelte. 1799 kaufte Karl August Fürst Bretzenheim die Herrschaft. Sie wurde 1807 an Ferdinand von Gudenus verkauft, dessen Familie sie auch heute noch besitzt.

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