Auf Grund der archäologischen Grabungen von 2006 bis 2009 nimmt man an, dass die Burg um 1200 errichtet wurde. 1285 wird sie erstmals urkundlich erwähnt. Wagrain gehörte den Herren von Goldegg, die es als Lehen des Salzburger Erzbistums hielten.

Im Streit um den deutschen Kaiserthron stand Wulfing I von Goldegg 1322 auf der Seite des Königs Ludwig von Bayern. Sein Lehensherr, der Salzburger Erzbischof Friedrich III, unterstützte aber den Habsburger Friedrich den Schönen. Dies führte dazu, dass nach der Schlacht von Mühldorf Truppen des Erzbischofs die Festen Goldegg, Wagrain und Taxenbach zerstörten. Im Gegensatz zu Goldegg wurde Wagrain nicht mehr aufgebaut.

Die Hofmark Wagrain kam nach dem Tod des letzten Goldegger im Jahr 1400 zuerst an dessen Tochter Dorothea und 1449 an den Salzburger Erzbischof Siegmund von Volkersdorf. Dieser belehnte die Brüder Wiguleius und Bernhard Gradner mit der Herrschaft, doch mussten diese bereits 1463 wieder darauf verzichten. 1593 wurden die Welser mit dem Prädikat „zu Wagrain“ geadelt. Der starke Bewuchs des Burghügels sowie die jahrhundertelange Verwendung der Ruine als Steinbruch durch die örtliche Bevölkerung hatten dazu geführt, dass von der einst stattlichen Burg nur mehr kümmerliche Reste über das Bodenniveau herausragten. Noch 1939 wurden größere Steinmengen aus dem Burgbereich für die Errichtung eines Schwimmbades verwendet. Auch die Geschichte der Burg geriet mehr und mehr in Vergessenheit. Die in den Jahren 2006 bis 2009 durchgeführten archäologischen Ausgrabungen des Bundesdenkmalamtes, brachten aber wesentliche Erkenntnisse zur Baugeschichte.

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