Die Burg gehörte dem Erzbistum Salzburg, das von hier aus seine Besitzungen im unteren Lavanttal verwaltete. Zwischen 1193 und 1215 wird ein "Gotfrit de Stein" erstmals erwähnt.

Gegen Ende des 12. Jahrhunderts hatten die Grafen von Pettau das Vogteirecht inne. Bald befand sich die Burg aber wieder in den Händen der Salzburger Erzbischöfe. 1273 wurde sie dem Bischof von Lavant übergeben. Drei Jahre später überfiel Graf Heinrich von Pfannberg die Burg und zerstörte sie weitgehend. Aber noch im gleichen Jahr gelangte sie wieder an das Bistum Salzburg, das die Schäden umgehend beheben ließ. Im steirischen Adelsaufstand gegen Herzog Albrecht I wurde die Burg vom kaiserliche Feldhauptmann Ulrich Kapeller 1289 eingenommen.

Nach dem Friedensschluss wurde sie wieder dem Bistum zurückgegeben. Dieses verlieh sie 1293 an Rudolf von Fohnsdorf. Danach wurden meist Pfleger eingesetzt. 1437 vernichtete ein Brand große Teile der Burg, doch wurde diese bis 1444 wiederaufgebaut. 1480 eroberte sie Leonhard II von Kollnitz im Auftrag Kaiser Friedrichs III, wobei es wieder zu schweren Schäden kam. 1497 ließ sie Fürsterzbischof Leonhard von Keutschach neuerlich befestigen.

Im 18. Jahrhundert begann die Burg zu verfallen. Stein blieb bis zur Säkularisierung Salzburgs beim Fürsterzbistum und gelangte dann in Staatsbesitz. Die Verwaltung übernahm die Kammeralherrschaft St. Andrä. Schließlich gelangte die Ruine in Privatbesitz, zuerst an die Gebrüder Rosthorn und dann an August Theodor Schütte. Auf ihn folgte Dipl. Ing. Hellwig Habsburg-Lothringen. Seit 1979 befindet sich die Burg im Besitz der Familie Knauder. Die Anlage wurde gegen Ende des 20. Jahrhunderts teilweise restauriert.

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